Наиме, скоро на истом месту, нешто јужније од садашњег здања налазио се до почетка Другог светског рата првобитни храм Светог Марка који је изграђен у доба београдског митрополита Петра Јовановића (1833-1859) и кнеза Милоша Обреновића, 1835-1836. године.

За Београд у коме је још увек турска војна посада, када је рецимо данашња београдска Саборна црква била од дрвета, ово је био велики духовни догађај.

Ктитор храма је Лазар Панча трговац, који је пореклом из Јужне Србије, место Катраница, а умро је у Београду 1831. године.

Храм се налазио на гробљу што је уобичајена појава, а о гробљу се старала Управа храма. На Ташмајдану је био рудник камена (и шалитре) који је коришћен и у доба Турака и од којег је грађено много тога и у данашњем Београду.

Пре самог подизања храма Светог Марка, по сведочењу савременика, на том месту је био постављен Крст и сеница-шатор где је обављена Света Литургија или литије на Палилули.

Сретен Поповић, Београђанин, забележио је седамдесетих година 19. века „да су ту биле неке рушевине, и за њих би се говорило и причало, да је ту била стара црква, која је на сву прилику посвећена била Светом Марку“. Исти писац помиње брежуљак – могилу, на којем је 1830. године прочитан хатишериф.

Стара Маркова црква била је правоугаона грађевина чија је спољна површина била 11,5/21 метар, а унутрашњи корисни простор 7,75/17,46 метара. Истовремено је кнез Милош Обреновић саградио у Топчидеру дворску цркву Светих Апостола Петра и Павла (довршена 1834. године).

Радовима на оба храма руководио је Хаџи-Никола Живковић из Водена (1792-1870), први велики градитељ у обновљеној Србији и његови мајстори Јања и Никола.

Од самог почетка постојања храма, још 1838. године у њему је сахрањен кнежевић Милан Обреновић, најстарији син кнеза Милоша Обреновића, и то „десно од западних врата њених, и прах покојног владике шабачког Гаврила (Поповића) који лежи лево од западних врата у самој цркви“.

После крвавог династичког мајског преврата 1903. године; у овом храму је сахрањен краљевски брачни пар Краљ Александар и Обреновић и Краљица Драга Обреновић.

Око 1870. године храм Светог Марка имао је две парохије: теразијску са 312 домова и палилулску од 318 домова.

У току Првог светског рата аустријански поробљивачи су обновили храм 1917. године. Првобитни храм је постојао до почетка Другог светског рата. Услед немачког бомбардовања на Цвети 13. априла 1941. године храм је запаљен и толико оштећен да су његови остаци потпуно уклоњени током 1942. године.